Расшифрована структура генома ВИЧ
Группе ученых из Северокаролинского университета в Чапел-Хилл и Национального института раковых заболеваний во Фредерике (оба - США) удалось полностью расшифровать вторичную структуру генома ВИЧ-1 - наиболее распространенной формы вируса иммунодефицита человека.Для хранения генетической информации ВИЧ, как и многие другие вирусы, использует однонитевые РНК, причем в кодировании данных участвуют как нуклеотидная последовательность (на каждой из двух содержащихся внутри капсида нитей РНК располагается около 10 тысяч нуклеотидов), так и элементы вторичной структуры (петли, стебли "шпильки"), формируемой с помощью водородных связей.
Ранее ученые анализировали лишь небольшие участки генома, не получая данных об общей структуре.
Авторы рассматриваемой работы применили оригинальную технологию исследования РНК, получившую название SHAPE (high-throughput selective 2`-hydroxyl acylation analysed by primer extension, высокопроизводительное выборочное ацилирование, анализируемое методом удлинения праймера).
В основу методики положен тот факт, что способность нуклеотидов исследуемой молекулы взаимодействовать с определенными химическими веществами зависит от того, участвует ли данный нуклеотид в образовании элементов вторичной структуры.
Построив на базе собранных данных модель генома вируса, авторы выявили сложную структуру тех участков РНК, которые кодируют протеины. По мнению ученых, обнаруженные структурные элементы должны каким-то образом воздействовать на процессы трансляции и сворачивания белков. "Наконец мы начинаем понимать, какие "уловки" помогают вирусу преодолевать защитные системы организма человека", - заключает один из участников исследования Кевин Викс (Kevin Weeks).